工學院現有土木工程學系、機械工程學系、環境工程學系、化學工程學系、材料科學與工程學系五個學系及精密工程研究所、生醫工程研究所二個研究所，並將於110學年度成立智慧創意工程學士學位學程。另設置機械實習工廠、工程科技研發中心、金屬研發中心、智慧自動化暨精密機械研究中心、智慧微創器械中心、無人載具研究中心及智慧封裝研究中心等7個附屬單位。